Реставрация вступала в свои права. Изгнаны были почти все члены колледжей, назначенные Кромвелем и парламентом. Сменились мастеры колледжей. Преподавателям и студентам было не до занятий. В университете не стало ни денег, ни способных студентов, ни ведущих учёных. Кембридж приходил в состояние полного упадка.

…С Реставрацией сменился состав и в колледже Троицы. Прежний мастер, Джон Уилкинс, с детства обожаемый Ньютоном автор различных механических и химических опытов, фокусов и развлечений, вынужден был уйти из колледжа, поскольку он, любя короля, не отказался всё же от удовольствия жениться на вдовой сестре Кромвеля. Это обстоятельство было слишком подозрительным, чтобы Уилкинс мог оставаться в Кембридже. Его заменил Генри Ферн, деятель умеренного толка, который хотел провести переход от одного режима к другому как можно более гладко. При нём отдавалось должное и роялистам и «круглоголовым» — лишь бы они обладали учёным авторитетом. Впервые и те и другие получили равные шансы стать членами колледжа. Но 1662 год принёс с собой «Акт униформности», вновь недвусмысленно подтвердивший королевскую власть в университетах. В Кембридже воцарилась реакция. Либерал Ферн был заменён преданным королю Джоном Пирсоном. Он, к счастью, оказался способным администратором, резко улучшившим финансовое состояние колледжа и увеличившим приём студентов, в число которых попал и Ньютон. Сразу отметим, что позже Джон Пирсон произвёл на Ньютона сильное впечатление своими неортодоксальными взглядами на самое святое в колледже Троицы — на саму Троицу. И смутил тем Ньютона, зародил в нём семена вольнодумства.

Юный Ньютон пока слабо разбирался в тонкостях университетской жизни. Он был несказанно рад, что очутился в древних замшелых стенах колледжа святой Троицы, о котором так много слышал с детства. И преподобный Вильям Эйскоу, и брат миссис Кларк — Гемфри Бабингтон, оба — примеры учёности для молодого Ньютона — были питомцами Тринити.

…Тринити-колледж, основанный Генрихом VIII в 1546 году, был сравнительно молодым среди кембриджских патриархов. Король задумал и построил для колледжа просторное здание, в котором должны были жить мастер, а также шестьдесят членов колледжа и стипендиатов, посвятивших себя служению святой и неделимой Троице. Милостью Марии Стюарт добавлено было к этим шестидесяти ещё двадцать стипендиатов, а Елизавета приложила руку к разработке колледжского устава. Теперь, при Джоне Пирсоне, Тринити-колледж, казалось, вернул себе былое величие. Колледж насчитывал теперь четыреста человек, включая полноправных его членов — бакалавров, магистров и докторов, стипендиатов — «софистеров», студентов младших курсов, клерков, хористов, слуг и ещё двадцать бедняков, живущих согласно уставу колледжа на его подаяния.

Среди этих четырёхсот был теперь и Ньютон. Через несколько дней после приезда, а именно 8 июня, он увидел свою фамилию в списке университетских студентов и торжественно поклялся вместе с ними сохранять университетские привилегии, честь и независимость университета, защищать их своим голосом и советом, а также регулярно платить взносы за учёбу. Это была так называемая матрикуляционная клятва.

…Исаака посетило тогда щемящее чувство причастности — и к этим замшелым каменным стенам, задрапированным вьюнком и диким виноградом, и к памяти учившегося здесь Бэкона, и служившего здесь Эразма, и к его новым коллегам.

Он был готов к подвигу служения. Служения кому или чему? Он бы не смог, пожалуй, на это ответить. Может быть, его труд должен был послужить овладению вершинами современной науки, давно освоенной и преподаваемой в Кембридже? К сожалению — нет. Ньютон попал в Кембридж в самый тяжёлый и бесплодный период его истории. К тому времени университет уже давно превратился в фабрику по производству учёных степеней. Его интеллектуальная атмосфера была довольно затхлой, в чём Исааку пришлось весьма скоро и с сожалением убедиться.

Исаак оказался в Тринити на самой нижней ступеньке его социальной пирамиды. Он был зачислен в ранге «сабсайзера», то есть беднейшего студента, получавшего право на учёбу, прислуживая. В июле он получил некоторое повышение и стал «сайзером». По уставу колледжа учащиеся, именуемые «сайзерами», были бедными студентами, обучаемыми в университете бесплатно. Их было тринадцать человек. Трое прислуживали мастеру колледжа, остальные десять — старшим членам. Сабсайзеры были на ещё более низкой ступени, поскольку, выполняя функции сайзеров, должны были платить за питание. Оки обычно прислуживали младшим членам колледжа или богатым студентам.

В документах Кембриджа и в воспоминаниях современников не сохранилось имени «хозяина» Ньютона. Современные исследователи предполагают, что им был член колледжа Гемфри Бабингтон.

В книге решений Тринити значится колоритная запись, живописующая часть обязанностей сайзеров: «…Приказано также, чтобы ни один бакалавр или учащийся ни при каких условиях не заходил бы в верхние кладовые, а посылали бы для этого сайзеров, которые не должны оставаться там долее, чем требуется для этой цели под страхом штрафа 6 пенсов за каждый раз. Но если кто-нибудь из них влезет в окошко кладовой или ударит мясника или его слугу и это станет помехой для того, чтобы вновь послать его в кладовую, виновник подлежит суду мастера колледжа и старших его членов». Сайзеров часто можно было встретить на задворках колледжа, где располагались службы: пивоварня, хлебопекарня, птичник и конюшни.

«Героические» биографии Ньютона стыдливо опускали «сайзеровский» период его жизни, боясь подорвать его авторитет, и тем, возможно, лишали жизнеописание героя тех естественных эмоций, мотивов, которые не могли быть безразличны для его жизненного пути и его творчества.

Чтобы как можно ближе представить себе его моральное состояние в начале кембриджской жизни, сразу подчеркнём, что обязанности Исаака были, по существу, лакейскими. Он был слугой — будил хозяина на утреннюю церковную службу, чистил его башмаки, причёсывал, таскал ему пиво и хлеб из кладовых, топил его камин, прислуживал ему, скромно стоя позади за столом, и убирал его ночной горшок. За всё это сайзер Ньютон получал возможность учиться; но он не имел права выходить из здания колледжа, а в капелле мог стоять лишь в определённом углу, куда собирали и остальных отверженных. Никто из членов колледжа не мог без ущерба для своей репутации ни говорить, ни даже находиться рядом с сайзером.

Ньютон стал слугой, хотя раньше сам имел слуг и, как утверждают, особенно с ними не церемонился. Более того, он стал отверженным, и это обстоятельство, возможно, усугубило его будущую кембриджскую изоляцию и неизбежное одиночество. Но, спросит читатель, и будет прав, ведь Ньютон был, по существу, весьма богатым человеком? Почему же его положение в колледже не соответствовало его достатку? Мать давала ему на год около десяти фунтов, хотя её доход достигал семисот. Один из исследователей — Грегори Кинг, подсчитав примерные доходы жителей Англии того времени, пришёл к выводу, что мать Ньютона и он сам были среди полутора тысяч самых богатых людей во всей стране. И всё же факт остаётся фактом — Ньютон был в колледже сабсайзером, а затем сайзером. Видимо, прижимистость — родовая черта землепашцев Ньютонов брала своё и отметила в конце концов благородную, но некогда очень бедную Анну Эйскоу.